デフォルトでは Transmit を起動すると 2つのファイルブラウザが 1つのウインドウ内に左右に配置され表示されています。しかしながら、ファイルブラウザへの操作はそれぞれどちらか一方にしか行えません。Transmit では "フォーカスされている" ファイルブラウザに対し操作コマンドを受け付けます。
フォーカスされているファイルブラウザは、パスバーのセグメントがハイライトされます。
例えば、この画像では右のファイルブラウザがフォーカスされています。
フォーカスを移したいファイルブラウザの中をクリックします。
または、表示 > ローカルにフォーカス もしくは 表示 > リモートにフォーカス を選択します。