もし Apple の MobileMe サービスをお使いならば、Transmit のお気に入りを同期することが可能です。
MobileMe を使用してお気に入りを同期するには:
Transmit をまだ 1度も起動してい無い場合は起動させる
システム環境設定を開く
MobileMe を選択する
同期タブをクリック
同期リストから Transmit を選択し、チェックボックスをオンにする
次回よりお気に入りファイルが自動的に MobileMe の同期時に含まれます。