一部のいわゆるドットファイルや .htaccess や .svn などやフォルダは Transmit のデフォルトの状態では表示されません。
そのようなファイルを見えるようにするには、表示 > 不可視項目を表示 を選択します
再び隠すには、表示 > 不可視項目を隠す を選択します。